农村自建房三层是否算违建，关键在于是否拥有相应的审批手续。若三层房屋已获得建设用地的规划许可、建筑设计工程规划许可和建筑施工许可，则不属于违章建筑。反之，若缺少任何一项审批，则即使仅为单层，也可能被认定为违章建筑。

在农村自建房过程中，必须遵守特定的规定和标准。例如，农村自建房目前限制层数不超过三层，且每户的总体建筑规模不得超过360平方米。此外，农村村民住宅基地用地标准也有明确的规定，通常按照每人20至30平方米来计算，具体数值取决于家庭人口数量。

因此，在农村自建房时，必须确保建筑项目符合相关规定和标准，并且完成了必要的审批手续，以防止房屋被认定为违章建筑。