农村自建房违建的处理方式主要依据相关法律法规进行。具体而言，若自建房未取得建设工程规划许可证或未按规划许可证规定进行建设，县级以上地方人民政府城乡规划主管部门或乡、镇人民政府将责令停止建设。对于尚可采取改正措施消除影响的，将限期改正并处罚款；若无法改正，则可能面临限期拆除、没收实物或违法收入等处罚。在乡、村庄规划区内，未取得乡村建设规划许可证或未按其规定建设的，也将受到类似处理。

此外，若自建房非法占用土地，特别是耕地，还可能受到更严厉的处罚，包括责令退还土地、限期拆除等。农村自建房违建的认定标准严格，涉及未申请或申请未获批准、擅自改变规划许可内容、擅自改变使用性质等多种情形。

因此，农村自建房应严格遵守相关法律法规，确保建设合法合规，以避免不必要的损失和麻烦。